Το Μετοχικό Ταμείο Ναυτικού, διοικείται από επταμελές Διοικητικό Συμβούλιο (Δ.Σ), το οποίο συγκροτείται με Απόφαση του Υπουργού Εθνικής Άμυνας και αποτελείται από τους παρακάτω:

α. Ως Πρόεδρο έναν Ανώτατο Μάχιμο Αξιωματικό του Πολεμικού Ναυτικού (Π.Ν.) εν αποστρατεία, που προήχθη εν ενεργεία στο βαθμό του Αντιναυάρχου ή Υποναυάρχου.

β. Έναν Ανώτατο Αξιωματικό του Λιμενικού Σώματος (Λ.Σ.), εν εφεδρεία.

γ. Έναν Μάχιμο, Αρχιπλοίαρχο ή Πλοίαρχο Π.Ν. εν ενεργεία.

δ. Έναν Οικονομικό, Αρχιπλοίαρχο ή Πλοίαρχο Π.Ν. εν ενεργεία.

ε. Έναν εκπρόσωπο του Υπουργείου Οικονομίας και Οικονομικών (διορίζεται από τον Υπουργό Οικονομίας και Οικονομικών).

στ. Τον Προϊστάμενο της Γενικής Διεύθυνσης του Ταμείου.

ζ. Έναν Ανώτερο Αξιωματικό Πληρωμάτων Στόλου Π.Ν. εν εφεδρεία.

Το Διοικητικό Συμβούλιο ασκεί τη διοίκηση του Ταμείου και τη διαχείριση της περιουσίας του, έχοντας την εξουσία να προβαίνει σε κάθε ενέργεια που αποσκοπεί στην επίτευξη των σκοπών του Ταμείου, εντός των πλαισίων του νόμου.

Ο Πρόεδρος του Διοικητικού Συμβουλίου του Ταμείου, εκπροσωπεί το Διοικητικό Συμβούλιο και επιμελείται για την εφαρμογή των αποφάσεών του και την καλή λειτουργία του Ταμείου.

Οι αποφάσεις του Διοικητικού Συμβουλίου υλοποιούνται από το Γενικό Διευθυντή ο οποίος προΐσταται των υπηρεσιών του ΜΤΝ.

Ο Οργανισμός του Μετοχικού Ταμείου Ναυτικού διέπεται από το Π.Δ. 31 / 2007 (ΦΕΚ Α΄ 29/20.02.2007).

Στο ΜΤΝ υπηρετεί στρατιωτικό προσωπικό του Πολεμικού Ναυτικού και του Λιμενικού Σώματος που τοποθετείται με μέριμνα ΓΕΝ και ΥΕΝ αντίστοιχα. Επίσης στο ΜΤΝ εργάζονται μόνιμοι πολιτικοί υπάλληλοι που ανήκουν σε αυτό και μισθοδοτούνται από τον προϋπολογισμό του.